Neste museu situado na ala do séc. XIX do Mosteiro dos Jerónimos, cerâmicas, armas e joias evocam os primeiros passos da presença humana em Portugal. A época megalítica e a Idade de Ferro estão presentes através de estelas e menhires. O período romano está particularmente bem representado, por exemplo com A Fortuna, uma estatueta em bronze do séc. I. O Tesouro reúne uma rica coleção de ourivesaria arcaica: pulseiras, brincos de ouro.