Dois claustros, à direita da igreja, dão acesso à Capela dos Pazzi e ao Museu da Obra de Santa Croce. O primeiro, ao longo da lateral da igreja, tem uma galeria fechada de lápides e sepulturas. Os prédios conventuais o separam do Grande Claustro, projetado por Brunelleschi, mas concluído apenas em 1453, sete anos após a sua morte. Apesar de sua localização em um bairro popular, trata-se de um lugar de silêncio.