O museu abriga objetos relacionados com a Confraria da Santa Casa da Misericórdia, painéis vidrados do séc. XVIII e renascentistas, bem como retratos dos benfeitores desta instituição de caridade. A Capela da Misericórdia merece uma visita devido à sua abóbada do altar-mor decorada com símbolos religiosos e profanos relacionados com os Grandes Descobrimentos, bem como a sacristia, que se encontra completamente coberta de azulejos. O topo da torre do relógio oferece uma vista esplêndida da cidade.