O Museu Nacional do Vice-reinado faz parte de um amplo conjunto que foi ao mesmo tempo lugar de culto e de estudo para os jesuítas e os franciscanos que se instalaram em Tepotzotlán a partir do século XVI. À medida que se visita os diferentes edifícios (igreja de San Francisco Javier, claustros, capelas) iremos admirando as magníficas obras de arte e objetos cotidianos expostos, que constituem um verdadeiro tesouro de arte colonial.