Suas coleções, reunidas em um edifício do século XVI, são formadas, principalmente, por obras de arte que pertenciam aos Farnese (esculturas greco-romanas) e pelo material encontrado em Herculano e em Pompéia (mosaicos), tornando este museu um dos mais ricos do mundo para se conhecer a antiguidade grega e romana. Pela grande quantidade e pela beleza das suas coleções, o museu é um complemento indispensável para visitar Pompéia e Herculano.