Anteriormente sede da cadeia das missões da Califórnia, a missão San Carlos Borromeo de Carmelo reflete o espírito visionário de seu fundador, Padre Junípero Serra, que repousa no santuário da igreja. Graças aos trabalhos de restauração, a missão continua funcionando como paróquia e abriga uma escola religiosa. A igreja atual possui diversas particularidades em comparação com as outras missões da cadeia: note sua magnífica abóbada interior com arcos invulgarmente curvos, suas paredes decoradas com pinturas que datam de sua construção (século 18) e sua torre sineira em cúpula de 1781. Na antiga residência dos monges, algumas peças foram reconstituídas; a entrada se faz pela Serra Room, onde se encontra um cenotáfio (monumento para homenagear um morto que está em outro local, ou está em local desconhecido) do século XX dedicado ao padre pelo escultor Jo Mora. Um belíssimo retábulo em prata, de Padre Serra está também exposto.