APA Hotel Nagasaki Dejima localiza-se a menos de 1 km de Estação Ferroviária de Nagasaki e fornece quartos com ar condicionado em Nagasaki. As comodidades deste alojamento incluem restaurante, uma receção aberta 24 horas, depósito de bagagens e acesso Wi-Fi gratuito. Este alojamento não fumador situa-se a 14 minutos a pé de Museu de História e Cultura de Nagasaki.
No alojamento, todos os quartos têm secretária, televisão de ecrã plano, casa de banho privativa, roupa de cama e toalhas. Os quartos providenciam um frigorífico.
APA Hotel Nagasaki Dejima tem vários pontos de interesse populares nas suas proximidades, incluindo Oura Catholic Church, Glover Garden e Nagasaki Prefectural Art Museum. O aeroporto mais próximo é o Aeroporto de Nagasaki, que fica a 38 km de APA Hotel Nagasaki Dejima.