Refúgio dos Coqueiros situa-se na área de Praia do Tombo, no Guarujá, a 1,8 km de Praia de Pitangueiras, 4,5 km de Terminal Rodoviário do Guarujá e 44 km de Parque Estadual Restingas de Bertioga. Com estacionamento privado gratuito, o alojamento está a 2 minutos a pé de Praia do Tombo e 1,1 km de Praia das Astúrias. Iate Clube de Santos fica a 3,9 km de Refúgio dos Coqueiros, enquanto Aquário Acqua Mundo está a 5,9 km da propriedade. O aeroporto mais próximo é o Aeroporto de Congonhas/São Paulo, que fica a 79 km de Refúgio dos Coqueiros.